Su creación responde al afán de la Diputación por cubrir el gran vacío existente en materia de asesoramiento directo a las y los agricultores en lo relativo a la sanidad de sus cultivos, con un centro especializado en el estudio y diagnóstico de los patógenos y plagas de más frecuente aparición sobre las plantas cultivadas en la provincia, además de proporcionar información a las y los agricultores y al personal técnico de servicios oficiales sobre las medidas que deben tomar para buscar soluciones a los problemas fitosanitarios que surgen a lo largo del año, como la introducción de nuevos patógenos en la provincia, que, si no son controlados, llevan a la disminución o a la desaparición del propio cultivo. Este asesoramiento se ha incrementado con la ampliación en años sucesivos de las secciones de edafología, cultivos y ornamentales y, por último, de biología molecular.

Este es su objetivo primario (hoy en día ampliado): el asesoramiento en materia de fitopatología, es decir, ayudar a las y los agricultores y al personal técnico de servicios oficiales a reconocer las plagas y enfermedades de nuestros cultivos e informar sobre las medidas de protección y control que se deben seguir para evitar las pérdidas que ocasionan estos patógenos. 

A partir de 1984, con la entrada en la EFA de nuevo personal técnico, se diversificaron los objetivos y se creó una nueva área dedicada a cultivos de frutales y ornamentales. En materia de fitopatología se amplió el campo de actuación con el diagnóstico de las enfermedades producidas por bacterias y nematodos. El reconocimiento o clasificación de estos agentes fitopatógenos, el diagnóstico de las enfermedades que producen y su tratamiento requieren un nivel elevado de conocimientos y la especialización de las técnicas y técnicos que lo ejecutan.

En cuanto a las plantas ornamentales, se comenzó con el estudio de los jardines de la provincia siguiendo un protocolo de recopilación de datos que incluía la identificación botánica de los ejemplares de cada zona verde estudiada, así como los datos culturales e históricos de cada jardín, con el objetivo de conocer y poder mostrar adecuadamente nuestro patrimonio botánico y repercutir también en la economía de la provincia. Estos primeros años coincidieron con la adquisición del castillo de Soutomaior por parte de la Diputación, y desde la Estación se colaboró intensamente en los trabajos de restauración del jardín, que daría comienzo a la colección de camelias de la Diputación provincial.

En 1989 se inauguró el laboratorio de suelos, cuyo objetivo es principalmente la realización de análisis edafológicos de suelos. Partiendo de la interpretación de dichos análisis, se aconseja a la ciudadanía las correcciones pertinentes y los fertilizantes adecuados para sus cultivos. Un poco más tarde, se puso en marcha el laboratorio de biología molecular, que sirve de complemento a la identificación llevada a cabo por otras técnicas, facilitando la identificación de muchos microorganismos con diagnósticos que antes resultaban complicados o dudosos.

Finalmente, en 1993 se crea el primer laboratorio de lucha biológica de Galicia, para poner a punto métodos de cría artificial de artrópodos beneficiosos de interés agrícola y forestal, donde se crían algunos de estos auxiliares y se trata de optimizar (para transferirles a las y los agricultores) las técnicas de protección fitosanitaria de algunos de los patógenos y plagas que afectan a los cultivos de mayor importancia en la región evitando la aplicación de productos químicos.

Sin embargo, las misiones de la EFA abarcan, además del área del diagnóstico, otras como la de avisos fitosanitarios. Realizados con los datos recogidos en campo y de las condiciones meteorológicas de diferentes zonas de la provincia, se emite periódicamente un boletín con las informaciones de presencia y evolución de los diferentes agentes fitopatógenos que afectan a nuestros cultivos, así como las recomendaciones de control necesarias para combatirlos.

En la actualidad, nuestros laboratorios atienden problemas y aconsejan en cuatro áreas (fitopatología, edafología, fruticultura y ornamentales y biología molecular), con otro objetivo fundamental además del inicial: la investigación de carácter práctico relacionada con el ámbito agrícola y forestal. Por eso, cada una de sus unidades realiza una investigación eminentemente práctica y dirige sus resultados al sector (en muchas ocasiones solicitada por el mismo sector primario). En todos ellos los estudios son amplios, cubriendo: necesidades pedoclimáticas, ensayos de fertilización, estudios agronómicos (sistema de plantación, poda, riego, etc.), propagación de plantas, conocimiento y solución de problemas tanto fitosanitarios como culturales, entre otros.

Destaca también el estudio del género Camellia en todos sus aspectos: cultivo, catalogación e identificación de cultivar, propagación, conservación, plagas y enfermedades que le afectan y sus usos productivos, como la elaboración de té y aceite. En el campo de la patología de este género, uno de nuestros principales objetivos es la búsqueda de tratamientos eficaces para el control de Ciborinia camelliae, causante de la "marchitez de la flor" (flower blight), ya que provoca serios daños en las flores de todas las especies del género Camellia, reduciendo su valor ornamental y ocasionando cuantiosas pérdidas en el sector viverístico.

Además, contamos con un programa de donación de especies vegetales a los ayuntamientos, asociaciones y otros organismos públicos, con el fin de conservar y aumentar la diversidad vegetal de la provincia, y un servicio de estudio del estado sanitario de arbolado para los ayuntamientos y jardines abiertos al público.

Así, a lo largo de estos años se han llevado a cabo distintos proyectos de investigación financiados por organismos como la UE, INIA, Xunta de Galicia, CDTI, CAICYT o INTERREG y realizados tanto en colaboración con otros centros de investigación como directamente con las empresas del sector.

Desde 2014 somos unidad asociada de I+D+i de la Misión Biológica de Galicia-CSIC, bajo la denominación de Sistemas Agroforestales.

También, a lo largo de la andadura de la estación fitopatológica, una de sus inquietudes ha sido dar a conocer todos los resultados obtenidos de sus experiencias; estos trabajos han visto la luz en revistas especializadas, en congresos, o directamente a través del Servicio de Publicaciones de la Diputación de Pontevedra.

Conocedores de la importancia que tiene la buena formación de las y los agricultores para obtener unos mayores beneficios del campo, se desarrollan cursos formativos sobre distintas áreas de nuestra actividad en colaboración con el CSIC, con la Xunta de Galicia, con las universidades de Santiago de Compostela y Vigo y con los colegios oficiales, además de los realizados por la propia Diputación de Pontevedra.

Con todo esto, lo que pretende la institución provincial es dar un asesoramiento integrado a las y los agricultores, al mismo tiempo que su personal técnico está permanentemente en relación con el sector y con otros centros de investigación —nacionales o extranjeros— para tener y dar una visión real y actualizada de la realidad agrícola y forestal.